清华学生会初期的组织形式模拟的是资产阶级议会政治，即“三权鼎立”。评议会是全校代议机构，行使立法权；干事部行使行政权；司法的权力还掌握在学校斋务处手中。随着“五四”以来新思潮对学生影响的增长，学生们对于校方家长式的严厉管束越来越不满。
1919年10月，一位姓李的斋务长因开除学生，遭学生诘问并被打。同年12月，校长张煜全因干涉学生会成立大会，遭到学生反对而被迫去职。学校传统的管理方式被动摇，1920年起学生对自治展开广泛讨论，认为“学生自治，是由学生组织团体去练习学生管理自己”。
到1922年3月，学生通过学生会提出要求，成立了学生法庭，选出了审判官和检察官，“三权鼎立”随之形成。学校还拨了一笔钱，为“法官”们缝制了“法服”。穿戴上峨冠博袖的服装，学生法官们审理学生间争执事件甚至处理学生违反校章的事件。
1925年学生法庭被停止。
1929年《国立清华大学学生会章程》规定“本会最高权力机关为全体大会，立法机关为代表大会，执行机关为执行委员会”。
清华学生会的成立与实现自治，一方面是由于“五四”运动唤起了清华学生的爱国热情和自我意识的觉醒，“年轻的学生们经此刺激震动而突然觉醒了，登时表现出一股蓬蓬勃勃的朝气，好像是蕴藏压抑多年的情绪与生活力，一旦获得了迸发奔放的机会，一发而不可收拾，沛然而莫之能御。”；
另一方面，也可从中窥见清华学校早期的教育目的，清华学校的教育目标不仅是培养留美预备生，同时还寓有造就“领袖人才”的意义，希望“成一造就中国领袖人才之试验学校”。对于这种领袖人才，清华校长曹云祥提出了这样的要求：“天赋之才，精明强干，随机应变，善于治人”。
学校在加强管理的同时，也提倡和鼓励学生组织各种社团，开展课外活动，包括对外交涉、演说辩论、开运动会、请人演讲、编杂志、出级刊等。学校以学生团体活动为手段来培养学生的组织、办事能力，而清华学生会以后的日益发展以及参与左右校政、领导学生积极参加反帝爱国运动等行为恐怕已非校方的初衷了。